ZOOM Lite

Opis

ZOOM Lite je programska oprema za preslikavo in vizualizacijo podatkov zaporedja naslednje generacije. Uporabniki vnesejo referenčne genome in Illumina/Solexa na kratko bere datoteke ali barvni prostor AB SOLiD bere datoteke v različnih formatih, kot so * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta itd. ZOOM prikaže rezultate preslikave teh kratkih bere na referenčnem zaporedju. ZOOM Lite ima hitro in natančno preslikavo jedra, ki temelji na novo zasnovani teoriji več razmaknjenih semen. Obravnavati je mogoče branje z enega konca in seznanjenega konca različnih dolžin od 15 bp do 240 bp. Dovoljeno je poljubno število neusklajenosti in eno vstavljanje/brisanje različnih dolžin med branjem in ciljnim območjem v referenčnem zaporedju. Enolično preslikani rezultati ali najboljši (zgornji N) rezultati za vsako branje se bodo poročali glede na minimalno neujemanje in dolžino indela. Ocene kakovosti se uporabljajo za povečanje natančnosti kartiranja. ZOOM Lite na podlagi jedra preslikave omogoča uporabnikom, da naložijo lokalne podatke o branju in podatke o referenčnem zaporedju, izberejo ustrezne parametre, vzporedno obdelajo podatke velike količine podatkov med največ štirimi CPU-ji, spremljajo tekoče naloge, shranjujejo rezultate preslikave, si ogledajo grafe preslikava rezultatov in izhodnih preslikav rezultatov v oblikah datotek * .BED ali * .GFF za nadaljnje anketiranje z informacijami o sledi brskalnika UCSC. Rezultate preslikave si lahko ogledate v poljubnem merilu, od grafa globine branja preko celotnega kromosoma do podrobnih poravnav zaporedja med branjem in referenčnim zaporedjem. Uporabniki se zlahka pomaknejo do zanimivih regij preprosto s klikom in vlečenjem ali pomikanjem. ZOOM Lite je izpeljanka programske opreme ZOOM Studio.