RAPTOR

Opis

RAPTOR je inovativna programska oprema, zasnovana za natančno predvidevanje strukture beljakovin. Združuje napredna orodja za analizo v eno integrirano programsko rešitev in ponuja tri različne metode navojev. RAPTOR-ov edinstven pristop k optimizaciji celoštevilnih programov je najučinkovitejši za iskanje strukturnih predlog tarč z nizko homologijo zaporedja in je sposoben ustvariti visokokakovostne modele. Preprost vmesnik in enostavno razumljive vrednosti E so idealne za začetnike in strokovnjake. Predvsem intuitiven prikaz izhodnih podatkov uporabnikom omogoča preprosto razumevanje rezultatov. Glede na ciljno zaporedje beljakovin, če obstaja homologni protein z znano 3D strukturo, ga lahko najdemo z orodji za iskanje zaporedja, kot je PSI-BLAST, ki je prav tako na voljo v RAPTOR. Nato se iz znane strukture zgradi ciljna struktura; če pa homologija zaporedja ni pomembna, tj. manj kot 25%, PSI-BLAST ne more doseči samozavestnega zadetka. Za razliko od PSI-BLAST, ki preprosto išče zaporedje, navoj z beljakovinami in prepoznavanje krat uporablja informacije o homologiji in strukturi. Skenira beljakovinsko zaporedje z neznano strukturo v zbirko podatkov znanih struktur. Z uporabo funkcije točkovanja in izvedbo analize združljivosti med tridimenzionalnimi strukturami in linearnimi sekvencami beljakovin bo ugotovljena najboljša strukturna predloga, iz katere bo mogoče zgraditi strukturo zaporedja. Posledično navoj beljakovin daje boljše napovedi kot modeliranje homologij, kadar obstaja homologija obrobnega zaporedja.