FlexS

Opis

FlexS napove konformacijo in orientacijo enega od ligandov glede na drugega. V FlexS se domneva, da je referenčni ligand tog, zato ga je treba podati v konformaciji, ki je podobna vezanemu stanju. Algoritem superpozicije v FlexS zahteva le malo ročnega posredovanja. To znanje lahko vključite v izračune s FlexS z ročnim izvajanjem posameznih korakov. Tako je FlexS zasnovan za interaktivno delo na ligandnih parih kot tudi za virtualni pregled na ligandu. Dve glavni uporabi FlexS sta superpozicioniranje liganda (npr. za CoMFA/QSAR) in virtualni pregled. Če imate protein in majhno molekulo, ki se veže nanj (tako imenovan referenčni ligand), vendar nimate strukture proteina, lahko referenčno strukturo vzamete kot negativni prstni odtis aktivnega mesta. FlexS ugotavlja podobnost med testno in referenčno strukturo tako, da ju poravna. Pri virtualnem presejanju imate referenčni ligand in nabor spojin in vas zanima prednostna razvrstitev spojin za eksperimentalno testiranje.