GATE

Opis

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) je integrirana računalniška programska platforma za analizo in vizualizacijo visokodimenzionalnih biomolekularnih časovnih vrst. GATE uporablja algoritem združevanja v gruče, ki temelji na korelaciji, za razporeditev molekularnih časovnih vrst na dvodimenzionalnem heksagonalnem nizu in dinamično barvanje posameznih šestkotnikov glede na raven izražanja molekularne komponente, ki so ji dodeljeni, za ustvarjanje animiranih filmov molekularne ravni sistemov. regulativna dinamika. Da bi iz vzorcev korelacije sklepali na morebitne regulativne nadzorne mehanizme, GATE omogoča tudi interaktivno zasliševanje filmov glede na široko paleto podatkovnih nizov predhodnega znanja. Filme GATE je mogoče začasno ustaviti in so interaktivni ter uporabnikom omogočajo rekonstrukcijo omrežij in izvajanje funkcionalnih obogatitvenih analiz. Filme, ustvarjene z GATE, je mogoče shraniti v formatu Flash in vstaviti neposredno v datoteke rokopisov PDF kot interaktivne figure.